Né à Côme, Italie en 1702 de noble naissance. En Espagne, où il arrive fuyant la guerre d'Autriche, il reçoit de larges pouvoirs pour percevoir la pension des descendants de Moctezuma dans les Cajas royales du Mexique.
Il a voyagé en Nouvelle-Espagne en 1736. Pendant les huit années de son séjour, il s'est consacré à enquêter sur les apparitions de la Vierge de Guadalupe, rassemblant un matériel graphique et pictographique considérable. Il favorise le couronnement de l'image de Guadalupan, ce qui suscite la méfiance à l'égard des autorités vice-royales. Il est fait prisonnier et sa collection est dépouillée. Des mois plus tard, après avoir été déporté en Espagne, il embarque sur un navire qui tombe aux mains des pirates qui l'abandonnent à Gibraltar.
Avec de grandes œuvres, il est arrivé en Espagne et a pris contact avec le collectionneur Mariano Fernández de Echeverríay Veytia qui a obtenu son acquittement en étant nommé chroniqueur royal des Indes, une position que Boturini a rejeté pour se consacrer à l'écriture sur l'histoire des peuples autochtones. Bien qu'il ne récupère jamais sa collection, il y a écrit le catalogue du musée indien. Son travail est très original et bien documenté. Il mourut à Madrid à une date incertaine, entre 1750 et 1755.
