Construite sur les pentes des collines, la structure urbaine de cette ville a dû s'adapter aux aspects topographiques du terrain, tout en essayant de respecter une forme réticulaire comme un échiquier.
Cet aspect lui a finalement permis de grandir de manière mesurée et harmonieuse, qui au fil des siècles a conservé son caractère d'origine. Sa fondation est née de la nécessité de protéger et de sauvegarder les voyageurs qui transitaient entre Zacatecas et la capitale de l'ancien royaume de la Nouvelle-Espagne, transportant principalement des minéraux et assiégés par les nomades indigènes de la nation Chichimeca. Vers 1542, Fray Juan de San Miguel a établi à proximité de la ville actuelle une ville avec le nom d'Itzcuinapan, dédiant l'archange San Miguel comme saint patron. Cette population primitive avait de graves problèmes d'approvisionnement en eau, en plus des attaques continues et violentes des Chichimecas indigènes des régions environnantes. Pour cette raison, les habitants de la Villa de San Miguel ont déplacé la colonie à quelques kilomètres au nord-est; C'est là qu'en 1555, à la demande du vice-roi Don Luis de Velasco, la Villa de San Miguel el Grande sera fondée par Don Ángel de Villafañe. Le vice-roi a également exigé que des voisins espagnols s'y installent, qui se verraient attribuer des terres et du bétail, tandis que les autochtones qui y vivaient se verraient pardonner l'hommage et seraient gouvernés par leurs propres chefs pour éviter de futures rébellions.
Le 8 mars 1826, le Congrès d'État en fait une ville et change de nom, qui sera désormais San Miguel de Allende, en l'honneur du célèbre insurgé qui y est né en 1779.
À l'intérieur de cette jolie image coloniale, plusieurs palais vraiment remarquables de l'époque sont logés. Parmi les plus remarquables, le Palais Municipal, anciennement hôtel de ville construit en 1736. La maison natale d'Ignacio Allende, exemple de l'architecture baroque de la ville, notamment sur sa façade, et qui est actuellement le Musée régional. La Casa del Mayorazgo de la Canal, avec une belle façade néoclassique, a été achevée vers la fin du XVIIIe siècle par José Mariano de la Canal y Hervas, échevin, doyen et enseigne royale. L'ancien manoir de Don Manuel T. de la Canal, une construction de 1735 qui a été reconditionnée selon un projet de l'illustre architecte espagnol Don Manuel Tolsá en 1809; Le bâtiment abrite actuellement l'Institut Allende et il met en valeur l'étendue de ses cours intérieures, une belle chapelle et ses arches extraordinaires. La Maison de l'Inquisiteur, qui servit de résidence au commissaire du Saint-Office et qui date de 1780. La Maison des Marqués de Jaral de Berrio, construite à la fin du XVIIIe siècle, et celle des Comtes de Loja avec sa façade élégante.
En ce qui concerne l'architecture religieuse, la ville possède également des trésors architecturaux d'une valeur extraordinaire, comme l'église et le couvent de Saint-Domingue, un bâtiment sobre de 1737. Le couvent Leal de la Concepción, qui est actuellement le centre culturel, C'est un bâtiment remarquable pour son immense patio; Il a été construit au 18ème siècle par l'architecte Francisco Martínez Gudlño.
La chapelle de Santa Cruz del Chorro, l'une des plus anciennes; le temple du Tiers Ordre, datant du début du XVIIe siècle. Le magnifique complexe du temple et de l'oratoire de San Felipe Neri, du début du XVIIIe siècle; l'église a une façade baroque exubérante faite dans la carrière rose et avec un décor de forte influence indigène. Son intérieur présente une décoration variée et riche entre meubles, sculptures et peintures dignes d'admiration, en plus de la splendide chapelle de la Santa Casa de Loreto et de son Camarín de la Virgen, tous deux superbement décorés et dus au dévouement du marquis Manuel Tomás de la Canal. Près de l'oratoire se trouve le temple de Notre-Dame de la Santé, construit au XVIIIe siècle avec sa façade en retrait couronnée par un grand coquillage.
Le temple de San Francisco, du XVIIIe siècle, avec sa belle façade churrigueresque, est également l'un des plus beaux de la ville, et la célèbre paroisse est presque un symbole de San Miguel de Allende; Bien que sa construction de style néo-gothique soit plus récente, elle a été construite sur la structure de l'ancien temple du 17ème siècle, respectant pleinement son intérieur et son plan d'origine.
Tout près de la ville se trouve le sanctuaire d'Atotonilco, une construction du XIIIe siècle aux proportions sobres qui ressemble à une forteresse et à l'intérieur de laquelle sont conservées de précieuses peintures du même siècle.
