Les religieux qui pénétrèrent dans les territoires inhabités du nord de la Nouvelle-Espagne eurent l'idée de convertir les nations «barbares» au christianisme et ainsi de les intégrer également dans la vie politique, pour fonder plus tard des écoles et des villes dans les villages précédemment établis par eux.
Pour atteindre ces objectifs, les parents, toujours accompagnés de groupes armés, se sont approchés des Gentils et leur ont offert une protection contre l'Église et la Couronne d'Espagne en échange d'une éducation chrétienne. Les Indiens qui ont accepté se sont rassemblés pour construire une mission, devenant un refuge pour les Indiens et un lieu d'apprentissage des techniques européennes d'agriculture et d'autres métiers.
Une fois la pacification achevée, la mission est devenue une ville naissante avec une église, tandis que les missionnaires se sont déplacés ailleurs pour reprendre leur travail d'évangélisation. Ce système était risqué, car les Indiens du Nord opposaient certainement une certaine résistance, car ils étaient plus hostiles que ceux du centre, et ils fuyaient vers les montagnes.
La conversion a fonctionné sur la base de l'attribution de terres et de la protection des Indiens en échange de l'obéissance. Ceux qui s'y opposaient étaient punis, tandis que ceux qui organisaient des rébellions étaient exécutés.
Une fois la tribu indigène assemblée, un noyau principal ou chef a été intégré, qui était composé de plusieurs villes et colonies qui y étaient soumises. Les missionnaires résidaient dans les sources et étaient responsables d'au moins deux villages en visite. Trois missionnaires ou plus dépendaient d'un recteur et d'un visiteur local. Ces établissements formaient ensemble une province.
D'abord, une église en pierre a été érigée et autour d'elle, avec de l'adobe, des maisons ont été construites pour les frères qui allaient évangéliser, le soleil, les dés et les familles indigènes, et généralement une école. Dans les établissements, il y avait ce que l'on pourrait appeler une structure économique primitive. Ils avaient des zones pour la culture, l'ensemencement des terres, l'ouverture de routes et de canaux d'irrigation; élevage de bétail, légumes et activité artisanale. Dans les écoles, le catéchisme, la lecture, l'écriture et la musique étaient enseignés.
Au fil du temps, certaines missions ont été complètement abandonnées en raison de divers événements, tels que l'expulsion des jésuites en 1767, la propagation des maladies apportées par les Espagnols, les attaques des Indiens «barbares», les conditions météorologiques, les longues distances et le peu d'argent pour les entretenir. Certains sont préservés aujourd'hui comme les églises et d'autres constituent aujourd'hui des populations d'une grande importance. Cependant, de certaines missions, seul le site de leur emplacement initial est connu et d'autres seules des ruines subsistent.
Les jésuites ont établi des missions en Baja California Norte and Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, le nord de Nayarit, une partie de Durango et Coahuila. Après leur départ, les dominicains se sont installés au nord de la Basse Californie, tandis que les franciscains évangélisaient Tamaulipas et Nuevo León et remplaçaient les missionnaires de l'Ordre de Loyola dans la partie sud de la Basse Californie, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango et Coahuila. Dans le centre nord, après la rébellion des Zacatecos - qui a empêché la poursuite des missions franciscaines - les indigènes se sont organisés en couvents.
En 1563, le capitaine Francisco de Ibarra a visité le territoire qui comprend l'état actuel de Sinaloa et a fondé quelques villes. Cependant, ceux-ci durèrent peu de temps et ce ne fut qu'en 1591 que par ordre du gouverneur de Nueva Vizcaya, les pères jésuites Gonzalo de Tapia et Martín Pérez furent chargés d'évangéliser la région.
Les religieux traversèrent la Sierra Madre Occidentale en mai de la même année, entrant par Acaponeta, Nayarit, et passant par Culiacán, ils arrivèrent sur le site, où le 6 juin 1591 ils fondèrent leur premier bâtiment: San Felipe de Sinaloa.
