Né à Ozumba, dans l'État du Mexique, en 1737, il entreprit une carrière religieuse et fut ordonné prêtre à l'âge de vingt ans.
Malgré sa formation philosophique, il s'intéresse dès son plus jeune âge à la connaissance et à l'application des sciences naturelles, de la physique, des mathématiques et de l'astronomie. Il publie des ouvrages précieux sur des sujets scientifiques dans les journaux et magazines de son temps. Il acquiert une renommée internationale et est désigné partenaire correspondant de l'Académie des sciences de Paris. Il passe une grande partie de son temps à mener des expériences scientifiques et à constituer une vaste bibliothèque. Il est un collectionneur de pièces archéologiques et de spécimens rares de plantes et d'animaux. Explorez Xochicalco. Pour lui rendre hommage, en 1884, la Société scientifique Antonio Alzate a été fondée, qui en 1935 est devenue l'Académie nationale des sciences. Son travail éditorial le plus connu est les notes de l'histoire ancienne du Mexique du jésuite Francisco Javier Clavijero. On dit qu'il est un parent éloigné de Sor Juana Inés de la Cruz. Il mourut à Mexico en 1799.
