Pour le fier peuple Tlaxcala, allié et bâtisseur de la ville dans les conquêtes castillanes, ce doit avoir été une raison de grande distinction que San Miguel, le prince des milices célestes, apparut dans leur ville, laissant comme autres invocations son petit pot de eau miracle.
Les nombreuses fois mentionnées le père Francisco de Florencia S.J. Il a également enrichi les chroniques de Tlaxcala avec la "Narration de l'apparition miraculeuse que l'archange San Miguel a faite à Diego Lázaro de San Francisco, un paroissien indien de la ville de San Bernabé de la juridiction de Santa María Nativitas, état de Tlaxcala", écrite dans ce collège de Saint Pierre, 6 mars 1690.
C'était l'année 1631 lorsque Diego Lázaro de San Francisco, qui partait en procession, l'Archange lui apparut sans que les autres s'en aperçoivent et lui ordonna de dire aux gens que dans un ravin voisin il faire germer une source d'eau miraculeuse pour guérir les maladies. Comme il ne se conforma pas à cet ordre de peur de ne pas recevoir de crédit, l'Archange le punit et tomba malade avec le cocolixtli. Étant dans l'extrême de la mort, il lui est apparu à nouveau, mais maintenant tout le monde a vu une grande lumière qui a rempli la pièce, laissant peur. Quand ils sont revenus, ils l'ont trouvé en bonne santé et il leur a dit que l'Archange l'avait emmené à l'endroit où avec son bâton il a fait couler l'eau miraculeuse et lui a donné la santé. Immédiatement, les démons ont fui en masse, le chef de Tlaxcala.
En 1645, l'évêque de Puebla, Juan de Palafox y Mendoza, ordonna la construction du temple et de la chapelle du puits. Celui-ci recouvre le trottoir et présente un relief qui représente le moment où l'Archange fait couler l'eau devant Diego Lázaro. La façade de l'église est maniériste, au goût de Palafox.
Il porte son héraldique et dans le tympan abrite la sculpture en albâtre de San Miguel. Le fronton ouvert est couronné des armoiries d'Espagne, encadrées par la chaîne et la toison.
