Hidalgo partit pour Aguascalientes et se dirigea vers Zacatecas. Ici, il était décidé que les principaux chefs, avec les meilleures troupes et l'argent, partiraient pour les États-Unis.
Une fois en route, ils ont été faits prisonniers par les royalistes le 21 mars à Norias del Baján ou Acatita del Baján. Hidalgo a été emmené à Monclova, de là il est parti le 26 mars par Alamo et Mapimí et le 23 il est entré à Chihuahua. Ensuite, le processus a été formé et le 7 mai, la première déclaration a été prise. Le caractère ecclésiastique d'Hidalgo a retardé son processus plus que celui de ses compagnons.
La sentence de rétrogradation a été prononcée le 27 juillet et le 29 juillet, elle a été exécutée à l'hôpital royal où Hidalgo a été emprisonné. Le Conseil de guerre a condamné le prisonnier à être mis aux armes, non dans un lieu public comme ses compagnons, et lui a tiré sur la poitrine et non dans le dos, préservant ainsi sa tête. Hidalgo entendit calmement la phrase et se prépara à mourir.
Son dernier jour a été décrit comme suit: «De retour dans sa prison, on lui a servi un petit-déjeuner au chocolat, et l'ayant pris, il a supplié de lui servir un verre de lait au lieu d'eau, qu'il a terminé avec une extraordinaire démonstration d'appétit et de plaisir. Un instant plus tard, on lui a dit que le moment était venu d'aller à la torture; Il l'entendit sans altération, se leva et déclara qu'il était prêt à partir. En effet, il sortit du cube hideux dans lequel il se trouvait, et s'étant éloigné de quinze ou vingt pas, il s'arrêta un instant, parce que l'officier de garde lui avait demandé si on lui offrait quelque chose pour disposer en dernier; A cela il répondit oui, qu'il voulait qu'ils lui apportent des bonbons qu'il avait laissés sur ses oreillers: ils les apportèrent effectivement, et les ayant distribués aux mêmes soldats qui allaient faire feu sur lui et marchaient derrière lui, il les encouragea et les réconforta par son pardon et ses mots les plus doux pour faire leur travail; Et comme il savait très bien qu'on lui avait ordonné de ne pas tirer sur sa tête, et qu'il craignait de souffrir beaucoup, car il faisait encore crépuscule et les objets n'étaient pas clairement vus, il a conclu en disant: «La main droite que je mettrai sur ma poitrine sera , mes enfants, la cible sûre vers laquelle vous devez aller ».
«Le banc de torture avait été placé là dans un corral intérieur de l'école référée, contrairement à ce qui a été fait avec les autres héros, qui ont été exécutés sur la petite place derrière le bâtiment, et où se trouve aujourd'hui le monument. cela nous rappelle lui, et le nouveau centre commercial qui portait son nom; et quand l'Hidalgo eut connaissance du lieu auquel il était adressé, il marcha d'un pas ferme et serein, et sans se laisser les yeux bandés, priant d'une voix forte et fervente le psaume Miserere me; Il est arrivé à l'échafaud, l'a embrassé avec résignation et respect, et malgré une altercation qui ne l'a pas fait asseoir le dos tourné, il a pris le siège face à l'avant, il a posé sa main sur son cœur, il a rappelé aux soldats que c'était le point où ils devraient lui tirer dessus, et un instant plus tard, la décharge de cinq fusils a explosé, dont l'un a effectivement percé la main droite sans blesser le cœur. Le héros, presque impassible, tendit sa prière, et leurs voix se turent quand cinq autres muselières de fusil furent à nouveau détonées, dont les balles, passant le corps, rompirent les liens qui le liaient au banc, et l'homme tomba dans un lac de sang, il n'était pas encore mort; il a fallu trois balles de plus pour conclure cette précieuse existence, qui respectait la mort depuis plus de 50 ans. "
Sa tête, avec celles d'Allende, d'Aldama et de Jiménez, ont été placées dans des cages de fer dans les coins de l'Alhóndiga de Granaditas à Guanajuato. Le corps a été enterré dans le troisième ordre de San Francisco de Chihuahua, et en 1824 le tronc et la tête ont été amenés au Mexique, pour être enterrés avec une grande solennité.
