Avec seulement trois ou quatre mois de pluie par an, Colima a pu remplir les conditions nécessaires à la vie humaine grâce aux nombreux ruisseaux provenant des parties supérieures du Volcán de Fuego. Les preuves montrent que l'homme s'est installé dans cette vallée vers 1500 avant JC.
La culture connue sous le nom de Complejo Capacha était des sociétés agricoles et sédentaires qui ont donné lieu à la célèbre tradition des tombes à puits: des chambres mortuaires dans lesquelles de riches offrandes étaient déposées et auxquelles on accédait par un puits vertical et rond de 1,20 à 1,40. m de diamètre. Dans le centre de loisirs de Tampumachay, dans la ville de Los Ortices, il y a trois tombes avec le puits et les voûtes d'origine, et à l'intérieur une série de récipients en pierre et d'outils offerts aux morts.
Lorsque la religion a eu plus de poids dans l'organisation sociale, à partir de 600 après JC, les espaces cérémoniels ont commencé à être construits à partir de places, de cours délimitées et de plates-formes rectangulaires de dimensions considérables. Les colonies les plus complexes sur le plan architectural ne se sont développées qu'après 900 après JC.
L'endroit qui représente le mieux cette étape est La Campana. C'est une grande colonie - sa superficie cérémonielle dépassait 50 hectares - avec une succession de plates-formes rectangulaires. Au sommet de ces plates-formes, il y a des domaines probablement liés au stockage des céréales. Il existe également des systèmes résidentiels complexes qui, sans aucun doute, auraient dû être occupés par des chefs civils et religieux.
Deux aspects ressortent de ce site: l'emplacement des tombes à puits intégrées dans les espaces cérémoniels et l'existence d'un réseau complexe de canalisations de drainage et d'eau.
Un autre site archéologique important de Colima est El Chanal, situé à environ 6 km au nord de la ville, qui devait avoir une extension maximale de 200 hectares. Comme il s'étendait sur les deux rives de la rivière Colima, il est connu sous le nom d'El Chanal Este et El Chanal Oeste. Ce dernier, bien qu'il n'ait pas été complètement étudié, montre une complexité évidente, car il a des cours, des places, des structures, des canaux et des rues. El Chanal Este, d'autre part, a été en grande partie détruite parce que la ville moderne qui porte son nom a été établie sur ses ruines.
Les recherches montrent que dans le lieu se trouvent des éléments indicatifs du double temple, le concept du banc-autel et des autels-plates-formes de petites dimensions, ainsi qu'un grand nombre de sculptures en vrac, gravures et reliefs en pierre; chiffres liés aux Xantiles; poterie polychrome formant des contours d'aigles et de serpents à plumes; et enfin, le métal. Mais le plus marquant de cette culture est la présence du phénomène urbain et l'existence du calendrier.
