Les incursions constantes du conquérant espagnol Don Nuño Beltrán de Guzmán vers les terres occidentales du pays, afin d'accroître sa domination et son pouvoir sur ces territoires, ont abouti à la création d'une nouvelle province appelée le Royaume de Nouvelle-Galice.
La région était habitée par divers groupes indigènes, qui ravageaient continuellement les colonies que les Espagnols y avaient fondées. Le lieutenant de Nuño de Guzmán, le capitaine Juan B. de Oñate, reçut l'ordre de pacifier ces provinces et de fonder la Villa de Guadalajara à l'endroit appelé Nochistlán, fait qu'il consomma le 5 janvier 1532. En raison des fréquentes attaques indigènes contre la ville il a dû déménager un an plus tard à Tonalá et plus tard à Tlacotlán. Un troisième transfert a été opéré pour installer la ville dans la vallée d'Atemajac, où la ville a été définitivement fondée le 14 février 1542 avec la présence de Cristóbal de Oñate comme gouverneur de la Nouvelle Galice et de Don Antonio de Mendoza, puis vice-roi de la Nouvelle-Espagne, qui nomma Miguel de Ibarra maire et lieutenant-gouverneur.
La ville se développa rapidement et commença à concurrencer celle de Compostelle (aujourd'hui Tepic), qui était alors le siège des pouvoirs religieux et civils, de sorte que les habitants de Guadalajara exercèrent une telle pression sur les autorités de l'Audiencia, que le roi Felipe II décida d'émettre une Cédula datée du 10 mai 1560 pour déménager de Compostelle à Guadalajara, à la cathédrale, à la cour royale et aux fonctionnaires du Trésor.
La structure urbaine a été planifiée selon celle des autres villes coloniales, de sorte que sa disposition a été développée sous la forme d'un échiquier de ce qui était la place San Fernando. Plus tard, les quartiers de Mexicaltzingo et d'Analco ont été établis par Fray Antonio de Segovia, et le quartier de Mezquitán, l'un des plus anciens. Les maisons de la mairie ont également été érigées, en face de l'actuel temple de San Agustín et de la première église paroissiale où se trouve le palais de justice.
Aujourd'hui, la magnifique ville, prolifique en édifices coloniaux, présente un bon nombre d'exemples architecturaux pertinents, comme sa cathédrale, site incontournable, construite entre 1561 et 1618 par l'architecte Martín Casillas. Son style a été classé comme baroque naissant. Sa structure solide s'élève devant l'actuelle Plaza de Guadalajara, avec ses curieuses tours qui, bien qu'elles n'appartiennent pas au style d'origine du bâtiment, sont actuellement reconnues comme un symbole de la capitale de Guadalajara. Les tours primitives ont été détruites au 19ème siècle par un tremblement de terre, c'est pourquoi celles qu'elle possède aujourd'hui ont été ajoutées. L'intérieur du temple est de style semi-gothique, y compris ses voûtes en dentelle.
D'autres quartiers religieux du XVIe siècle sont le couvent de San Francisco, établi en 1542 près de la rivière, dans le quartier d'Analco, et presque totalement détruit pendant la Réforme. Son temple, rénové à la fin du XVIIe siècle, avec sa façade baroque aux lignes salomoniennes modestes, est conservé. Le couvent de San Agustín, a été fondé en 1573 par Ordonnance royale de Felipe II et conserve actuellement son temple avec sa façade aux lignes herreriennes sévères et son intérieur avec des voûtes nervurées.
Santa María de Gracia, une autre des fondations conventuelles, a été occupée par des religieuses dominicaines de Puebla, construite en 1590 devant la Plaza de San Agustín et payée par Hernán Gómez de la Peña. La construction en vint à occuper six blocs, bien qu'aujourd'hui seul son temple subsiste, avec une façade néoclassique de la seconde moitié du XVIIIe siècle.
