Les vestiges archéologiques d'Ixtépete, un centre cérémoniel près de la ville de Guadalajara dans la municipalité de Zapopan et les découvertes récentes de plus de vingt tombes à puits dans la vallée d'Atemajac, nous permettent d'en déduire qu'il y avait des occupations importantes pendant la période classique (200 BC-650 après JC)
Peu de temps avant la conquête, la vallée était habitée pour la plupart par des groupes de Cocas et de Tecuexes, rassemblés dans de petits villages dépendant de la domination de Tonallan, soumis sans grande résistance par Nuño Beltrán de Guzmán en 1530.
À la fin de l'année suivante, Guzmán entreprit la conquête vers le nord, confiant à Juan de Oñate de traverser le ravin de la rivière Santiago et dans la mesure du possible mais avec prudence, trouva une population espagnole sans s'exposer. Ainsi, le 5 janvier 1532, près de Nochistlán, dans l'actuelle Zacatecas, Guadalajara fut fondée.
Les conditions défavorables aux colons provoquèrent le transfert de cette ville à Tonalá, mais le séjour y fut de courte durée et peu de temps après, les Hispaniques s'installèrent près de Tlacotan, où ils restèrent jusqu'en 1541. La rébellion des caxcanes mieux connue sous le nom de guerre de Mixtón, qui il a mis en grave danger la domination espagnole, il est arrivé jusqu'aux environs de Guadalajara. Avec la révolte réprimée «par le feu et le sang» par la puissante armée dirigée par le vice-roi Antonio de Mendoza, la ville atteignit la paix mais se retrouva sans main-d’œuvre indigène, alors, à sa recherche, ils décidèrent de déplacer la population, trouvant la Valle de Atemajac, où la dernière et définitive fondation fut faite le 14 février 1542. Plus tard, la nouvelle fut confirmée que, près de trois ans auparavant, le roi lui avait accordé le rang et les privilèges de la ville.
En 1546, le pape Paul III créa l'évêché de Nueva Galicia et en 1548 l'Audiencia du même nom fut établie; Le siège des deux juridictions était, initialement à Compostelle, Tepic, jusqu'à ce qu'en 1560 son changement à Guadalajara a été ordonné, ce qui en fait le chef judiciaire du vaste territoire alors appelé l'Audiencia de Guadalajara, la capitale du Royaume de Nueva Galicia et le siège de l'évêché. Comme chaque ville espagnole a été dessinée comme un échiquier de ce qui était la place San Fernando et aussi selon la coutume, les quartiers indigènes de Mexicaltzingo, Analco et Mezquitán ont été laissés de côté. Le processus d'évangélisation a été lancé par les franciscains, suivis par les augustins et les jésuites.
Peu à peu, avec des difficultés et des revers mais aussi avec des succès, Guadalajara s'est développée et s'est imposée comme un centre économique et de pouvoir, à tel point qu'au milieu du XVIIIe siècle un nombre important de riches de Guadalajara ont voulu que Nueva Galicia et Nueva Vizcaya intègrent une vice-royauté totalement étrangère. à la Nouvelle-Espagne, objectif non atteint car les réformes politico-administratives de 1786 se profilent, qui modifient la structure territoriale, divisant l'ensemble de la vice-royauté en 12 communes, dont une est Guadalajara.
Pendant la colonie, notamment au XVIIIe siècle, le boom économique a laissé un héritage architectural, culturel et artistique dont les témoignages subsistent dans toute la ville.
Les airs pro-indépendance qui ont couru sur tout le territoire de la Nouvelle-Espagne ont pénétré Jalisco, de sorte que lorsque la guerre d'indépendance a éclaté dans différentes parties de la municipalité, il y a eu des soulèvements.
Le 26 novembre 1810, Don Miguel Hidalgo, commandant une grande armée, entre à Guadalajara et est reçu par José Antonio Torres, qui avait pris la ville peu de temps auparavant. Ici, Hidalgo a publié un décret abolissant l'esclavage, le papier timbré et les alcabalas et a parrainé l'impression du journal insurgé El Despertador Americano.
Le 17 janvier 1811, les insurgés sont vaincus sur le pont de Calderón et les troupes royalistes de Calleja récupèrent Guadalajara, assumant le commandement de José de la Cruz qui, avec Mgr Cabañas, anéantit tout déclenchement de rébellion.
Proclamé indépendance en 1821, l'État libre et souverain de Jalisco est érigé, laissant Guadalajara comme capitale de l'État et siège des pouvoirs.
L'instabilité qui a régné pendant la majeure partie du XIXe siècle dans le pays, aggravée par les invasions étrangères, a rendu difficile, mais n'a pas empêché l'État et en particulier dans sa capitale, de poursuivre son développement dans divers ordres. Des exemples tangibles sont: dans le deuxième quart du siècle, la création de l'Institut des sciences d'État; la construction de l'École des Arts et Métiers, du Jardin Botanique, du Pénitencier et du Panthéon de Bethléem, ainsi que l'ouverture des premières usines.
Au début des années quatre-vingt, des tramways urbains de traction animale sont apparus, la lumière électrique a été installée en 1884, en 1888 le premier chemin de fer au Mexique est arrivé et celui de Manzanillo en 1909. Dans les années quatre-vingt-dix, Don Mariano Bárcena a fondé l'Observatoire astronomique et le musée industriel.
Pendant la révolution, à Guadalajara, il y eut quelques actes de rébellion contre la dictature de Díaz, tels que des grèves ouvrières et des manifestations étudiantes, et Madero fut même reçu en 1909 et 1910 avec de grandes expressions de sympathie. Cependant, il n'y a pas eu d'événements belligérants qui ont suivi. D'autre part, la capitale de Guadalajara a subi une sorte de stagnation qui s'est terminée en 1930 une fois la paix rompue par la guerre de Cristeros acceptée, déclenchant une volonté de modernisation qui n'a pas pris fin.
Voir aussi Villes coloniales: Guadalajara, Jalisco
